Секретаријат Вијећа успостављен је преузимањем 30 запослених и активе бивше ОХР-ове Независне правосудне комисије (ИЈЦ) у јуну 2004. године. На овим основама Секретаријат се даље институционално развијао и јачао, пружајући подршку Вијећу у свим сегментима утврђеним законом, и то:

• именовања носилаца правосудних дужности, 
• дисциплинска одговорност судија и тужилаца, 
• припрема сједница Вијећа и извршење одлука, 
• едукација судија и тужилаца, 
• правосудна управа и статистика, 
• информациона и комуникацијска технологија, 
• буџети правосудних институција, 
• пројекти реформе правосуђа.

Надлежности Секретаријата
Стручне, финансијске и административне послове Вијећа обавља Секретаријат, под надзором предсједника и два потпредсједника Вијећа.

У послове Секретаријата спада, између осталог, пружање административне подршке, обављање правног, финансијског и другог истраживања неопходног како би Вијеће остваривало свој мандат у складу са законом, као и давање стратешких савјета о питањима везаним за извршавање мандата Вијећа.

Такођер, Секретаријат израђује нацрте одлука које доноси Вијеће, извршава одлуке које усваја Вијеће и редовно извјештава Вијеће о својим активностима. Секретаријат је надлежан и за израду приједлога годишњег буџета и годишњег извјештаја Вијећа, које прегледају предсједник и двојица потпредсједника Вијећа.

Менаџмент Секретаријата

Секретаријат Вијећа има директора и замјеника директора, који су одговорни Вијећу. Директора и замјеника директора именује и разрјешава Вијеће у складу са одредбама Закона о државној служби у институцијама Босне и Херцеговине. Мандат директора и мандат замјеника директора ограничен је на период од четири године. Мандат директора и замјеника директора може се продужавати сваке четири године.

Директор је одговоран за свеукупно обављање стручних, финансијских и административних послова Секретаријата, за извршење буџета којег усваја Вијеће, као и за остале послове о којима одлучи Вијеће.

Замјеник директора је одговоран за надзор над припремом сједница Вијећа и надзор над извршењем одлука Вијећа, као и за остале послове о којима одлучи Вијеће. Замјеник директора замјењује директора у његовом одсуству.

Кадровска структура

Секретаријат има упосленике који му омогућавају ефикасно обављање задатака у складу са законом. Државне службенике у Секретаријату именује и разрјешава комисија у чијем саставу је члан Вијећа којег Вијеће изабере, директор и замјеник директора, у складу са одредбама Закона о државној служби у институцијама Босне и Херцеговине. Упосленике Секретаријата који немају статус државних службеника именује и разрјешава комисија у чијем саставу је члан Вијећа којег Вијеће изабере, директор и замјеник директора у складу са законима Босне и Херцеговине из области радних односа.

Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста предвиђене су 102 позиције, од којих су тренутно попуњене 83 позиције. Процес запошљавања усклађен је са буџетским могућностима односно одлукама надлежних тијела којима се ограничава раст броја запослених лица у државним институцијама, иако потребе превазилазе тренутни број запослених. Имајући у виду обим и комплексност послова, управо је недовољна кадровска попуњеност један од највећих изазова са којима се Секретаријат суочава у обављању својих функција.

Поред стално запослених, у Секретаријату је тренутно запослено 55 стручних особа различитих професија (програмери, ИКТ техничари, аналитичари, итд.) који су ангажирани на пројектним активностима које непосредно проводи Вијеће и чији се ангажман финансира из пројектних средстава. Тренутно се проводе три пројекта како слиједи:

• Пројекат унапређења ефикасности правосуђа 
• Пројекат подршке правосуђу у БиХ; Јачање улоге тужилаца у систему кривичног правосуђа
• Пројекат предприступне помоћи ЕУ (ИПА 2012/2013)